Maria Theresia và gia đình đang tổ chức tiệc Saint Nicholas, tác phẩm của Nữ Đại Công tước Maria Christina, năm 1762. Bức tranh mô tả không khí sinh hoạt của gia đình hoàng gia.[118]

Giống như tất cả các thành viên của Nhà Habsburg, Maria Theresia là giáo dân Công giáo Roma, và là một người mộ đạo. Bà tin rằng sự thống nhất tôn giáo là cần thiết cho một đất nước hòa bình và dứt khoát bác bỏ ý tưởng khoan dung tôn giáo. Tuy nhiên, bà không bao giờ cho phép Giáo hội can thiệp vào những thứ bà coi là đặc quyền của một vị vua và giữ khoảng cách với Rome. Bà kiểm soát việc lựa chọn Tổng Giám mục, Giám mục và Tu viện trưởng.[119]

Cách tiếp cận với vấn đề tôn giáo của Maria Theresia khác với những người tiền nhiệm, vì bà chịu ảnh hưởng từ những người Jansenist. Hoàng hậu ủng hộ nhiệt thành việc cải đạo sang Công giáo Roma bằng cách đảm bảo lương hưu cho các tín đồ. Bà dung nạp người Công giáo Hy Lạp và đối xử bình đẳng giữa họ với người Công giáo Roma.[119][120][121]

Bên cạnh sự tận tâm của mình với Kitô giáo, cô được biết đến rộng rãi với lối sống khổ hạnh của mình, đặc biệt là trong thời gian góa bụa 15 năm.[122]

Dòng Tên

Mối quan hệ giữa bà với các tu sĩ dòng Tên khá phức tạp. Một tín đồ của giáo phái này đã dạy dỗ bà khi còn nhỏ, là người đỡ đầu của bà, và tham gia giáo dục tôn giáo cho hoàng trưởng tử. Các tu sĩ Dòng Tên có nhiều thế lực và có ảnh hưởng lớn trong những năm đầu của triều đại của Maria Theresia. Tuy nhiên, các bộ trưởng của Maria Theresia thuyết phục bà rằng như thế sẽ là một mối nguy hiểm cho chính quyền quân chủ chuyên chế. Sau một thời gian do dự phân vân, bà đã ban hành một sắc lệnh theo đó loại bỏ tu sĩ dòng Tên khỏi tất cả các cơ quan của triều đình, tiếp đó là cấm đạo một cách triệt để. Bà đã cấm lưu hành các ấn phẩm của Giáo hoàng Clement XIII có nội dung bảo vệ lợi ích của các tu sĩ dòng Tên, kịp thời tịch thu tài sản của họ khi Giáo hoàng Clement XIV tiến hành đàn áp.[123]

Người Do Thái và người Kháng Cách

Joseph, con trai lớn và đồng cai trị với Maria Theresia, năm 1775, bởi Anton von Maron.

Mặc dù cuối cùng bà cũng phải từ bỏ cố gắng cải đạo hết những người Kháng Cách sang Công giáo, Maria Theresia coi người Kháng Cách và Do Thái là mối nguy hiểm cho vương quyền và cố gắng để ngăn chặn họ.[124] Hoàng hậu có lẽ mang quan niệm kì thị tôn giáo, đã thừa hưởng những định kiến truyền thống của tổ tiên của bà. Đây là một sản phẩm của lòng sùng kính tôn giáo sâu sắc và không được giữ bí mật trong thời gian cai trị của bà.[125] Năm 1777, bà viết về những người Do Thái: "Ai gia biết rằng không có không có điều tệ hại nào lớn hơn giống người Do Thái, sự lừa lọc của chúng, cho vay nặng lãi và tham lam khiến cho thần dân của ai gia phải bị khốn khổ. Do đó cần thiết là phải tránh càng xa càng tốt, bọn Do Thái phải bị tránh xa và cách li."[126]

Bà đánh thuế vô cùng khắc nghiệt đối với những người Do Thái sinh sống trên lãnh thổ Harsburg, và vào tháng 12 năm 1744 thì đề nghị các vương hầu tìm cách trục xuất người Do Thái khỏi lãnh địa. Mục đích đầu tiên của bà là trục xuất tất cả người Do Thái vào ngày 1 tháng 1 năm 1745, nhưng sau đó bà đã chấp nhận lời khuyên của các đại thần, những người quan tâm tới số lượng người bị trục xuất trong tương lai, nên mở rộng thời hạn đến tháng 6. Bà cũng dời người Tin Lành từ Áo đến Transylvania và giảm số ngày lễ thánh và hoạt động của tu viện. Năm 1777, bà từ bỏ ý định trục xuất người Tin Lành sau khi Joseph, người đã phản đối ý định này, đe dọa sẽ thoái vị hoàng đế và cùng rời khỏi đất nước. Cuối cùng, cô đã buộc phải cấp cho họ một số khoan dung bằng cách cho phép họ để thờ riêng. Joseph coi chính sách tôn giáo của mẹ mình là "bất công, không tính ngưỡng, không thể, có hại và vô lý"..[123][124][127]

Trong thập kỉ trị vì thứ ba, do chịu ảnh hưởng từ cận thần người Do Thái Abraham Mendel Theben, Maria Theresia đã ban hành sắc lệnh theo đó khôi phục một số quyền lợi chi người Do Thái. Bà đã ngăn cấm việc buộc trẻ em Do Thái chuyển sang Thiên Chúa giáo vào năm 1762, và năm 1763 bà cấm giáo sĩ Công giáo đòi tiền sửa lễ của các thần dân Do Thái của bà. Năm 1764, bà ra lệnh phóng thích những người Do Thái đã bị bỏ tù vì tội phỉ báng máu ở làng Orkuta. Mặc dù không thích sự mạnh mẽ của người Do Thái, Maria Theresia hỗ trợ hoạt động thương mại và công nghiệp của người Do Thái.[128][129]